Triệu vương Tư Mã Luân soán ngôi, vì chú của Đôn là Vương Ngạn (con trai thứ năm của Vương Lãm) đang làm Duyện Châu thứ sử, nên Luân sai ông úy lạo Ngạn. Gặp lúc chư vương nổi dậy, Ngạn nhận hịch của Tề vương Tư Mã Quýnh, nhưng sợ binh mã của Luân hùng mạnh, không dám nghe lệnh; Đôn khuyên ông ta dấy binh hưởng ứng, nên Ngạn mới có công lao.[2] Tấn Huệ đế trở lại ngôi báu (307 [4]), anh họ xa (tộc huynh) của Đôn là Tư đồ Vương Diễn (cháu gọi Vương Hồn bằng bác) thăng ông làm Tán kỵ thường thị, Tả vệ tướng quân, Đại hồng lư, Thị trung, ra trừ Quảng vũ tướng quân, Thanh Châu thứ sử.[2][6]

Đầu niên hiệu Vĩnh Gia thời Tấn Hoài đế, Đôn được trưng làm Trung thư giám, bèn đem hết thị tỳ bồi giá của công chúa gả cho tướng sĩ, vàng bạc châu báu chia cho mọi người, chỉ còn một cỗ xe để quay về Lạc Dương. Tháng 3 ÂL năm Vĩnh Gia thứ 3 (309 [4]), Đông Hải vương Tư Mã Việt từ Huỳnh Dương đến chầu, Đôn nói với người thân rằng: “Bây giờ uy quyền đều ở trong tay Thái phó, nên việc tuyển dụng bộc lộ ý riêng, nhưng thượng thư vẫn dựa vào chế độ cũ mà chọn lựa; nay thái phó đến, ắt có giết chóc.” Ít lâu sau Việt bắt giữ bọn Trung thư lệnh Mâu Bá hơn 10 người rồi giết chết. Việt lấy Đôn làm Dương Châu thứ sử,[7] Phan Thao nói: “Nay cho Xử Trọng thụ chức ở Giang Ngoại, khiến ông ta lấy lòng cường hào ở đấy, là tạo ra giặc đấy.” Việt không nghe.[2]

Năm thứ 4 (310 [4]), Thái phó Tư Mã Việt trưng bái Đôn làm Thượng thư, còn gọi người Ngô Hưng là Kiến vũ tướng quân Tiền Khoái đưa quân về Lạc Dương. Khoái ngầm mưu giết Đôn rồi làm phản, ông biết được, chạy đi thông báo với Lang Gia vương Tư Mã Duệ, được Duệ vời làm An Đông quân tư tế tửu, nên không về Lạc Dương nữa.[8]